In der Nacht des 2. März 2016 wurde Berta Cáceres erschossen. Der gedungene Auftragskiller brach in ihr Haus ein, schoss auf sie und den dort ebenfalls anwesenden Gustavo Castro. Castro überlebte schwer verletzt, Berta Cáceres starb. Der Mord erfolgte nach jahrelangen Morddrohungen im Zusammenhang mit ihrem Widerstand gegen den Staudamm Agua Zarca im Bezirk Río Blanco, der von der Firma Desarrollos Energéticos Sociedad Anónima (DESA) geplant und die Bauphase iniitiert worden war. Berta war Leiterin der Organisation COPINH, die offen ihren Widerstand gegen das Agua Zarca-Wasserkraftwerk zeigte, da sie auf die mit dem Bau des Wasserkraftwerks einhergehenden Menschenrechtsverletzungen vor allem an der lokalen Bevölkerung, den indigenen Lenca, wusste.
Berta Cáceres‘ Ermordung löste internationale Empörung aus. Eine nationale und internationale Bewegung, die von Bertas Familie angeführt wurde, führte zur Verhaftung von sieben Personen, die in den Mord verwickelt waren, und 2018 wurden diese des Mordes für schuldig befunden. In einem seltenen Sieg für die Gerechtigkeit befand ein honduranisches Gericht im Juli 2021 Roberto David Castillo – zum Zeitpunkt von Bertas Tod Chef des Wasserkraftwerks Desarrollos Energéticos (Desa) – der Mitverschwörung an ihrem Mord für schuldig. Ein Jahr später wurde er zu 22,5 Jahren Gefängnis verurteilt. Doch Bertas Familie kämpfte weiter für ihr Andenken und fordert ein Ende der in Honduras herrschenden Straflosigkeit und die mit Bertas Ermordung verbundenen illegalen Verbindungen – vor allem zu den weiteren Hintermännern – aufzudecken. Bertas Tochter, Laura Zúñiga Cáceres, begrüßte die Verurteilung als weiteren Schritt im Kampf für Gerechtigkeit, wies aber auch darauf hin, dass der Fall noch nicht ganz strafrechtlich geklärt sei: „Dies [die Verurteilung der sieben Angeklagten] ist ein wichtiger Fortschritt, aber die Hintermänner des Verbrechens genießen dank ihrer politischen und wirtschaftlichen Macht immer noch Straffreiheit. Als Opfer dieses Verbrechens werden wir, ihre Familie, Mitglieder des COPINH (Bürgerrat der Volks- und Indigenenorganisationen von Honduras) und das Volk der Lenca weiterhin Gerechtigkeit vom honduranischen Staat fordern.“
Die internationalen Kampagnen zur Aufklärung des Mordes hatten auch immer den Bezug zu auch europäischen Firmen aufgezeigt, die lange, trotz der Kritik an den Staudammprojekt Agua Zarca, an Finanzierung und Dienstleistung wie Turbinenlieferung festhalten wollten. Erst über ein Jahr nach der Ermordung Berta Cáceres zogen sich die beiden Entwicklungsbanken FMO und Finnfund aus dem Projekt zurück, woraufhin dann auch Siemens-VoithHydro die Geschäftsbeziehungen zu DESA beendeten.